La especie tipo es Secernosaurus koerneri, descrito en 1979 a partir de restos encontrados en la Formación Bajo Barreal en la Provincia del Chubut Patagonia Argentina.
[10][11] Estudios posteriores colocaron a esta especie es un sinónimo más moderno de Secernosaurus koerneri,[7] pero seguía siendo problemático.
En 2022 nueva evidencia nos permite reconocer que Secernosaurus koerneri, Bonapartesaurus rionegrensis y "Kritosaurus" australis son taxones válidos.
[12] El siguiente es un cladograma basado en el análisis filogenético realizado por Prieto-Márquez y Wagner en 2012, que muestra las relaciones de Kritosaurus entre los otros Kritosaurini.
El análisis filogenético recupera un nuevo clado de hadrosáuridos sudamericanos compuesto por Kelumapusaura machi, Huallasaurus australis, Bonapartesaurus rionegrensis y Secernosaurus koerneri.