Esta especie fue descrita originalmente en el año 2020 por los ictiólogos Juliano Ferrer y Luiz Roberto Malabarba.
[1] El ejemplar holotipo designado es el catalogado como: MCP 54183, el cual midió 49,3 mm de longitud estándar.
[1] Etimológicamente, el término genérico Scleronema se construye con dos palabras del idioma griego, en donde: skleros significa 'duro' y nema es 'filamento'.
[2] El epíteto específico mate es un sustantivo en aposición, el cual hace referencia a la hierba utilizada en la infusión del mismo nombre, una bebida tradicional en el sur de Brasil, Paraguay, toda la Argentina y Uruguay.
Scleronema mate guarda una gran semejanza con S. guapa, pero difiere de esta en las manchas del lateral del cuerpo, las cuales son negras y redondeadas (marrones, difusas y dispersas en S. guapa); también difiere en que la línea infraorbital del sistema sensorial posterior contiene poros i10 e i11 y además cuenta con poros adicionales asociados (sin poros adicionales asociados en S. guapa).