No todos los gobernantes evangélicos dentro del Sacro Imperio Romano Germánico habían abrazado inmediatamente a Adolfo como líder.

Las fortificaciones de la ciudad cedieron y las fuerzas imperiales fueron capaces de doblegar la resistencia armada y abrir la puerta de Kröcken, lo que permitió a todo el ejército imperial entrar en la ciudad, que sufrió otro duro golpe cuando el coronel Dietrich von Falkenberg, un aristócrata y militar enviado por el rey Gustavo Adolfo para dirigir la defensa de Magdeburgo, fue muerto a tiros por las tropas imperiales.

[6]​ Cuando la ciudad estaba casi perdida, la guarnición minó varios lugares y prendió fuego en otros mientras parte de la población ofrecía resistencia en las calles usando literalmente cualquier cosa a la mano.

El físico Otto von Guericke, ciudadano de Magdeburgo, afirmó que cuando los civiles se quedaron sin cosas para dar a los soldados, "comenzaron realmente los actos miserables.

Durante catorce días, los soldados cremaron todos los cadáveres y los arrojaron al río Elba para prevenir epidemias.

La devastación fue tan grande que Magdeburgisieren (o "magdeburguizar") se convirtió en un término utilizado frecuentemente durante décadas con el significado de destrucción total, violación y saqueo.