Su estadía en dichos países lo llevaron a adoptar oficialmente el catolicismo en 1614, religión a la cual sería devoto el resto de su vida.
Para la batalla de la Montaña Blanca (1620) él sería ascendido a teniente coronel, en donde demostraría un gran coraje.
Sin embargo sería derrotado junto a Tserclaes en la batalla de Breitenfeld por Gustavo Adolfo II y poco a poco los católicos perderían terreno ante los protestantes, sin embargo Pappenheim lograría recuperar el sur del Rin y del Wesser actuando con cautela en gloriosas operaciones militares, la captura de esas áreas fueron catastróficas para el rey sueco, puesto que necesitaba las zonas propiamente dichas para recibir más refuerzos.
Sus maniobras le valieron suficiente fama para que el emperador lo pusiera a apoyar a Wallenstein contra los sajones y sus aliados suecos.
Su imponente carga de caballería golpeó al ejército sueco en el momento preciso, pues logró impedir una carga masiva de la infantería sueca.