Esto produjo una profunda consternación entre los numerosos protestantes bohemios que temían no solo la pérdida de su libertad religiosa, sino también su semiautonomía tradicional, bajo la cual muchas de las fincas tenían constituciones individuales separadas que gobernaban su relación con el Imperio y donde el Rey era elegido por los líderes locales.

[4]​ Fernando, que se convirtió en el emperador Fernando II después de morir Matías en 1619, vio al protestantismo como enemigo del Imperio y quiso imponer el dominio absolutista sobre Bohemia, al tiempo que fomentaba enérgicamente la conversión a la fe católica.

En 1620, ahora plenamente establecido como emperador, Fernando II se propuso conquistar Bohemia y dar un castigo ejemplar a los rebeldes.

Sirviendo con la Liga Católica como observador oficial estuvo el futuro "padre de la filosofía moderna", René Descartes.

Los bohemios intentaron bloquearlos estableciendo posiciones defensivas, que el ejército imperial simplemente evitó.

Así ganó una posición ventajosa en la "Montaña Blanca", en realidad una meseta baja, pero tuvo poco tiempo para establecer obras defensivas.

Anhalt trató de recuperar la situación enviando infantería y caballería dirigidas por su hijo Christian II.

Unos 4000 protestantes resultaron muertos o capturados, mientras que las pérdidas imperiales ascendieron a solo alrededor de 700.

[8]​ Si bien el ejército imperial contaba con cierta ventaja numérica, la envidiable posición defensiva adoptada por los checos hacía prever una situación de igualdad.

Como consecuencia, cuando las tropas católicas lanzaron un ataque frontal, los mal pagados mercenarios del ala izquierda se dieron a la fuga, lo cual provocó tal desmoralización entre las tropas defensoras, que los atacantes entraron al cabo de pocas horas en Praga.

En 1621, el Emperador ordenó a todos los calvinistas y otros no luteranos que abandonaran el reino en tres días o se convirtieran al catolicismo.

Las tropas españolas, que buscan rodear las rebeldes provincias neerlandesas, se apoderaron de las tierras del Palatinado.

Con la posibilidad de que el protestantismo invadiese Alemania, Dinamarca entró en la lucha y Suecia se unió a las fuerzas protestantes en 1630.

El idioma checo tuvo que ser revitalizado como lengua literaria en el movimiento renacentista checo de finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, que todavía se puede entender hoy como diglosia.