Se casó en 1606 con María Magdalena de Biglia, en Milán, († 1654 en Gratzen en Bohemia del Sur).A principios del siglo XVII, Charles Bonaventura von Buquoy combatió junto al ejército Español en Flandes en su lucha contra Franceses y Holandeses, donde obtuvo sus primeras menciones.En la lucha contra los nobles rebeldes y la Unión Protestante en Bohemia del Sur, construyó su campamento militar en Dráchov.En la continuación de los combates en Netolice Buquoy conquistó varias ciudades y castillos bohemios.Incluso el castillo protestante perteneciente a Neidegg Albrechtsberg en los Grandes Krems fue devastado.El mando supremo de sus tropas pasó a Rudolf von Tiefenbach.
