En el interior, las tres naves están cubiertas con bóvedas de crucería.
Tiene mosaicos en fibra de vidrio y en el día, su iluminación la da la luz que se filtra por los vitrales hechos por el alemán Walter Wolf.
Los muros que flanquean los accesos al santuario característicamente escalonados por la topografía del terreno, están llenos de exvotos y placas con agradecimientos por los favores recibidos, así como con aparatos ortopédicos para dar testimonio de curaciones atribuidas al favor de la advocación venerada.
Posteriormente, Justino Mejia y Mejia, capellán del santuario entre 1944 a 1977, e historiador, nos refiere la historia actualmente aceptada y que cuenta como alrededor de 1754 la imagen de la Virgen del Rosario fue descubierta por una in Rosa, su pequeña hija, cuando se dirigían de Ipiales a su casa en Potosí; al verse sorprendidas por una tormenta, María y su hija, buscaron refugio a la vera del camino entre las oquedades formadas por las piedras planas y anchas o losas naturales (lajas) inmensas que caracterizan esa zona del cañón del río.
Para sorpresa de la madre, la niña que hasta ese momento era considerada sordomuda llama su atención con las palabras: "Mamita, la mestiza me llama..." señalando la pintura seguramente iluminada en forma sugestiva por los relámpagos.