Fue hijo del reconocido escritor y pensador peruano, José Carlos Mariátegui.
Estudió su primaria y secundaria en el Colegio Superior, dirigido por el profesor Carlos A. Velásquez.
Luego ingresó a la Pontificia Universidad Católica del Perú donde estudió la carrera de Derecho.
Cabe recordar que en vida, José Carlos Mariátegui solo publicó dos libros, La escena contemporánea y los 7 ensayos de interpretación de la realidad peruana; dejó inacabados e inéditos dos más (El alma matinal y Defensa del marxismo publicadas en 1950 y 1955, respectivamente, aunque gran parte de ellos ya había sido publicada en la prensa).
Complementando esta notable labor, en 1994, conmemorándose el centenario del nacimiento del escritor, se dio a luz una monumental obra en dos tomos, titulada Mariátegui total (Lima, Empresa Editora Amauta), que reúne todas sus obras y escritos, incluyendo los de su etapa juvenil.
Ese mismo año, su cargo como diputado fue interrumpido tras el golpe de Estado perpetrado por el general Juan Velasco Alvarado donde Mariátegui sufrió persecución, al igual que el resto de los prohombres del gobierno.
Permaneció en ambos cargos hasta su renuncia en octubre del mismo año, donde luego fue reemplazado por su compañero Luis Pércovich.
Desde entonces se retiró de la vida pública y estuvo abocado a las labores editoriales.