Masayuki cambió su nombre al de Mutō Kihei para poder heredar el clan Mutō, una rama del clan Takeda.
Durante la batalla de Nagashino de 1575 sus hermanos mayores, Nobutsuna y Masateru, fueron asesinados, por lo que volvió a utilizar el apellido Sanada para mantener el liderazgo del clan.
Durante la batalla de Sekigahara del año 1600 decidió aliarse con el bando de Ishida Mitsunari mientras que su hijo mayor, Nobuyuki, decidió asistir al bando de Tokugawa Ieyasu.
Durante el conflicto Masayuki defendió el Castillo Ueda en contra del asedio realizado por las tropas de Tokugawa Hidetada, hijo de Ieyasu.
La batalla de Sekigahara concluyó con una victoria para Ieyasu por lo que originalmente Masayuki y su hijo Yukimura fueron condenados a ser ejecutados pero gracias a la participación de Nobuyuki en el bando triunfador, fueron solo condenados al exilio en la provincia de Kii.