Sus orígenes se remontan a finales del siglo XVIII, cuando fue una reducción de Jinotega, cuyo guía espiritual era el presbítero Silvestre Lanzas, quien trazó las primeras calles e hizo construir las primeras casas.
Así nació el otro pueblo que fue llamado San Rafael de la Concordia.
Fundó centros de salud, impulsó la instalación de los servicio domiciliares de agua potable y electricidad en el casco urbano, renovó la iglesia parroquial dedicada a San Rafael Arcángel notoria por su tamaño impresionante ("una Catedral sin Obispo"), sus pinturas en los muros interiores y sus vitrales coloridos.
Hombres: 12,000 (50.8%) Mujeres: 11,619 (49.2%) Rural: 17,182 (72.7%) Urbano: 6,437 (27.3%) San Rafael del Norte tiene una población actual de 23,619 habitantes.
Su clima es frío y lluvioso durante casi todo el año, la temperatura media anual es de unos 18 °C.