[3] En 1820, hacia el final de la colonia, sus habitantes participaron en una revuelta indígena contra los tributos excesivos dirigida por Atanasio Tzul, la cual se alzó contra las autoridades peninsulares y criollas en Totonicapán y Santa María Chiquimula, pero fue reprimida por milicianos ladinos, principalmente provenientes de San Carlos Sija.[6] En el nuevo estado hubo constantes revueltas campesinas y tensión con Guatemala, hasta que las hostilidades estallaron en 1840, y el general conservador mestizo Rafael Carrera recuperó la región para Guatemala.[8] Desde ese momento, San Francisco El Alto pasó a ser parte del nuevo departamento de Totonicapán.Los alcaldes que ha habido en el municipio son: El cronista Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán menciona la ciudad en su obra Recordación Florida en 1690 indicando que la misma tenía un total de 2,880 habitantes indígenas y 720 «tributarios».[14] Durante la cuaresma de 1820, cuando se supo que Fernando VII había sido obligado a poner nuevamente en vigencia la Constitución absolutista, Aguilar y Tzul realizaron gestiones ante el alcalde mayor para verificar el hecho.[15] Así, se dio paso al rechazo del tributo, la remoción del Alcalde Mayor, José Manuel Lara de Arrese y la imposición de un gobierno propio.Encolerizados, los indígenas acudieron al caudillo conservador Rafael Carrera, en busca de protección.[19] Tras algunas escaramuzas, los ejércitos se enfrentaron en Sololá el 25 de enero de 1840; Carrera venció a las fuerzas del general Agustín Guzmán e incluso apresó a éste[20] mientras que el general Doroteo Monterrosa venció a las fuerzas altenses del coronel Antonio Corzo el 28 de enero.
