El matrimonio tuvo un hijo, Íñigo de la Cruz, que les sucedió a ambos en sus títulos nobiliarios.
Siguió la carrera militar -ascendiendo hasta teniente coronel- y siempre fue fiel a Mariana de Austria, regente de su hijo Carlos II tras la muerte de Felipe IV.
Fue elegido para la reorganización del regimiento de la Chamberga y tras la subida al poder de Juan José de Austria fue enviado a Orán y desterrado a Logroño.
Cuando murió Juan José en 1679, la reina madre regresó a Madrid y el conde fue recompensado por su fidelidad.
El monarca borbón no alejó al conde de los puestos de gobierno y le nombró gobernador del Consejo de Indias, permaneciendo en este cargo hasta su muerte.