Esto provocó la ruptura definitiva de ambas facciones del radicalismo provincial.
Paralelamente llevó a cabo una fuerte persecución del partido socialista y el comunista, junto al encarcelamiento de la mayoría de dirigentes sindicales y peronistas lo que tensó aún más el clima político provincial.
Pese a que los plazos para el juicio político se cumplieron sin llegarse a ninguna conclusión, en 1964 la legislatura depuso al gobernador Martinovic, jurando en su lugar el vicegobernador Varela, pero Martinovic decretó la disolución de ese gobierno.
En 1975 falleció su único hijo en un accidente automovilístico, sumiendo a sus padres en la depresión; su esposa murió en 1979.
En 1983 se mudó a Buenos Aires, donde ejerció como asesor de asuntos patagónicos del presidente Raúl Alfonsín, y formó un nuevo hogar junto a Susana Beatriz García y sus hijos.