Los cursos de mayor volumen de la Reserva son: el río Cabeza de Indio, formado por los esteros: China Muerta, Coyán, Lonconera y Rifle; el río Trancura formado por los esteros: Los Chilcos, Trancura y Arenales.Estos ríos drenan en la cuenca del río Toltén.Las precipitaciones sobrepasan los 2500 mm anuales, distribuidos casi uniformemente, con un período relativamente seco entre los meses de diciembre a marzo.Las temperaturas alcanzan en un valor medio a los 19 °C en enero, y entre 4 °C y 7 °C en el mes de julio, con una variación descendente de este a oeste.Dentro de la primera Subregión, la Reserva tiene la Formación Vegetal Bosques Caducifolios Alto-Andino con Araucaria, y en la segunda Subregión está la Formación Vegetal Bosque Caducifolio Mixto de la Cordillera de los Andes.
