Antes de que Nintendo lanzara su primera consola doméstica, R&D1 ya desarrollaba videojuegos para máquinas recreativas.
Esta etapa finalizó con la salida al mercado de la videoconsola doméstica Nintendo Entertainment System.
La consola NES recibió una gran cantidad de títulos desarrollados por este equipo (algunos meras reediciones de máquinas recreativas), que más tarde se convertirían en grandes clásicos del videojuego: Metroid, Kid Icarus, Excitebike, Ice Climber, Duck Hunt, Balloon Fight, Mario Bros., Tetris, etc.
Tras grandes ideas llevadas con éxito a la práctica, en 1995 se lanza Virtual Boy, un proyecto dirigido por Gunpei Yokoi, desarrollado por Nintendo R&D1 y Reflection Technology.
Al año siguiente, en 1996, Yokoi presenta su dimisión, y el grupo pasa a estar dirigido por Takehiro Izushi.