Poseedor de una gran inventiva y creatividad, inventó la afamada consola portátil Game Boy y los Game & Watch, muy populares en aquel entonces, considerados ser prototipo de la primera mencionada.

Gunpei Yokoi creó en 1980 dos juguetes mentales mecánicos ("puzzles") que confirmaron una vez más su inteligencia creativa y abstracta.

Se trata del "Ten Billion Barrell" (テンビリオン) y el Trillion (que en Estados Unidos comercializó "Ideal Toys"), ambos cubiertos en la patente norteamericana US4376537 de 1980.

En 2007, el Ten Billion Barrell fue reeditado con forma de estrella como una edición especial para los miembros del Club Nintendo japonés.

Algunos consideran que estas consolas son un prototipo de la Game Boy, portátil que sería lanzada al mercado más tarde, demostrando ser el mayor trabajo de Yokoi.

Yokoi fue elegido como director general del grupo “Investigación y Desarrollo 1” (Research and Development 1, R&D1).

Luego en 1986, una parte del grupo R&D1 de Yokoi desertó, formando así la compañía Intelligent Systems.

Más tarde, Yokoi produjo los juegos Battle Clash, Panel de Pon y Fire Emblem: Seisen no Keifu trabajando a su lado.

Yokoi fue también el responsable de reclutar al hombre que diseñaría la Famicom/NES y la Super Famicom/SNES: Masayuki Uemura.

Quizá el trabajo más notable de Yokoi en el área del soporte físico (hardware) fue la consola portátil Game Boy, lanzada al mercado en 1989.

Sin embargo, en la Game Boy se podían jugar numerosos títulos a través de un sistema basado en cartuchos, y los juegos eran presentados en una pantalla monocromática.

Poco después de haber dejado Nintendo, Yokoi comenzó su propia compañía, Laboratorios Koto, en Kioto.