Un modo VS multijugador tiene dos jugadores que compiten entre sí en pantalla dividida.
La versión Super NES también contiene un modo Puzzle en el que cada nivel tiene una grilla de cookies predefinida y el jugador debe borrar todas las cookies en un número máximo de movimientos.
Al año siguiente se lanza para esos mismos sistemas en Europa.
Yoshi's Cookie está también disponible en el juego de la Nintendo GameCube Nintendo Puzzle Collection, junto con Dr. Mario y Panel de Pon (llamado Tetris Attack, Pokémon Puzzle League o Puzzle League fuera de Japón), lanzado inicialmente solo en Japón y con posterioridad en el resto del mundo.
El juego fue mostrado por primera vez por Bullet-Proof Software en el Consumer Electronics Show de 1992.
La banda sonora fue compuesta por Akira Satou, Nobuya Ikuta, Noriko Nishizaka y Tsutomu, que también presenta una versión de Csikós Post, escrita por el compositor alemán Hermann Necke.
Si bien Bullet-Proof Software retuvo los derechos del juego Super NES original, Nintendo otorgó la licencia de los personajes de Mario y permitió que el desarrollador utilizara la marca Yoshi's Cookie.
Los niveles en el modo Puzzle del juego fueron diseñados por el creador de Tetris Alexey Pajitnov.