Los jugadores controlan a la cazarrecompensas Samus Aran, quien investiga una estación espacial infectada con parásitos metamorfos conocidos como «X».El equipo médico se ve obligado a extirpar partes del traje infectado, pero no pueden retirarlo por completo porque está profundamente integrado con su cuerpo.Como última alternativa, la Federación utiliza una vacuna con ADN metroid para combatir al parásito, ya que los metroides son sus depredadores naturales.Sin embargo, el ADN metroid le otorga nuevas habilidades, como la capacidad de absorber al parásito X sin peligro, lo que le proporciona energía y municiones, pero también la vuelve vulnerable al frío, una debilidad característica de los metroides.Siguiendo las instrucciones del ordenador, Samus intenta contener al parásito que se ha dispersado por los entornos de la estación.Desde ese momento, Samus tiene encuentros ocasionales con el SA-X, evitando enfrentarlo directamente debido a su vulnerabilidad tras la cirugía, que le hizo perder los poderes de su antiguo traje.Samus queda gravemente herida, pero un parásito X emerge y se transforma en el SA-X, enfrentándose al metroid.Sin embargo, el metroid derrota rápidamente al debilitado SA-X, que había sido dañado en su enfrentamiento previo con Samus.Fusion es más línear que otros juegos de Metroid debido a su mayor enfoque en la narrativa.Sin embargo, estos objetivos no suelen tener una solución obvia, obligando al jugador a explorar y probar cosas en el escenario, como en títulos anteriores.Como este es casi invencible, debe esconderse o huir hasta que pueda hacerle frente.Las criaturas del juego son en realidad parásitos X imitándolas, y, al destruirlas, se convierten en células flotantes.Para completar el juego con éxito, deberá ir recuperando sus habilidades, ya sea descargándolas en ciertas Salas de datos o absorbiendo ciertos parásitos x.La parte rosa es el mapa básico, que suelen proporcionarte al entrar en la sala de navegación del sector.
