Son conocidos por desarrollar videojuegos como la serie Fire Emblem, WarioWare, Paper Mario y Advance Wars.
Intelligent Systems se forma con miembros salido del Nintendo R&D1 para crear su propia desarrolladora.
Desde sus inicios, mantienen una estrecha relación con Nintendo, y más concretamente con Gunpei Yokoi, director del R&D1, con el que trabajan codo con codo en muchos de sus juegos, haciendo difícil saber qué juegos han sido desarrollados por Intelligent Systems y cuales por el R&D1.
A lo largo de los años, esta desarrolladora ha creado grandes franquicias para la marca Nintendo como son Metroid, Fire Emblem, Paper Mario, WarioWare o Advance Wars.
Pero no solo crea videojuegos, sino que además a lo largo de estos años ha creado diferentes herramientas para la programación en todas las consolas Nintendo, además de productos como Super Game Boy o Game Boy Player.