Pasado ese periodo de quince años el club retomó su participación en una competición en la temporada 2011-12, en la categoría más baja, la Primera División Provincial Aficionados.
El equipo pardicarmesí acabó cantando el alirón y la ciudad recuperó la ilusión perdida siete años atrás.
El Real Burgos debutó en la temporada 1990/91 en un partido en El Plantío ante el Cádiz C. F., al cual ganó por 1-0 con gol de Ivica Barbarić.
Cabe destacar en esta primera temporada en la máxima categoría la solidez defensiva del equipo rojipardo, consiguiendo ser el club menos goleado de la Primera División con tan sólo 27 goles encajados en 38 partidos.
Tras una temporada discreta, el equipo acaba en la 5.ª posición del Grupo Sur de la Primera División Provincial Aficionados, sin obtener el ascenso.
La temporada 2013/14 en Primera División Regional Aficionados, el club mantiene los jugadores más importantes que consiguieron el ascenso un año antes.
El Real Burgos anuncia a ambos organismos que no acudirá a dicho partido por lo que se le sanciona al club con la pérdida del partido por 3-0 y restándole 3 puntos más en la tabla clasificatoria.
Durante todo el año el equipo se mueve por las posiciones medio-bajas de la tabla del grupo A, acabando en el 11.º puesto, manteniendo la categoría.
Durante todo el año el equipo se mueve por las posiciones medias de la tabla del grupo A, acabando en el 7.º puesto, manteniendo la categoría.
Tras un año espectacular en el que únicamente pierde un partido de 34 disputados, el equipo acaba líder y consigue el ascenso a la Tercera División.
La derrota del Real Burgos le condenó al descenso que fue consumado unas jornadas más tarde.
El equipo presentó una demanda contra el organismo territorial al entender que se había vulnerado el reglamento.
[9] Mientras tanto, la federación territorial sancionaba al equipo burgalés por no comparecer en sus partidos correspondientes a la Primera Regional.
Los siguientes futbolistas disputaron más de 30 partidos con el equipo en Primera división o fueron internacionales con sus respectivos países mientras jugaron en el Real Burgos: Luis María Astorga Lete José Ramón Pérez Rodríguez "Monchu" Miguel Sánchez Rodríguez José Luis Fernández Manzanedo Luis María Astorga Lete Pedro Bonell Serra[15] Miguel Ángel Cabezón Rodríguez[16] Jesús Barbadillo Barbero Jorge Mallón Gil-Fournier José Antonio Martínez Navarro Jesús Saiz Ruiz Miguel Jerez López Juan Antonio Gallego Cantero