[2]​[3]​ Aunque se desconoce de manera certera su origen, lo más probable es que sea un plato mestizo,[4]​ entre la cocina nativa mesoamericana y la tradición culinaria española que se importó durante la colonización y las migraciones posteriores.

Generalmente se suele pensar que «pupusa» proviene de la lengua pipil o náhuat.

[1]​ Además, hay teorías que trazan el término pupusa al náhuatl.

En su investigación contactó con hablantes nativos pipiles, que en su mayoría llamaban kukumuzin a la pupusa, de kuku 'caliente' y -uzin, sufijo diminutivo, es decir, «calentita».

La aspiración final se agrega para normalizar palabras del español, como pelutah 'pelota', lo que demuestra que «pupusa» pasó del español al náhuat y no al revés.

Lemus concluyó que no existe suficiente estudio para esclarecer un origen.

Para Santiago Barberena, provendría del quiché (lengua maya guatemalteca) poputz, de pop, 'petate' o 'esfera', y utz, 'cosa bien hecha', algo así como que «las dos tapas [de la pupusa] están bien unidas» o simplemente «bien unidas».

[4]​ Sin embargo, las pupusas que quizá se comían en aquella época debieron ser diferentes a la que consumen los actuales salvadoreños y hondureños,[5]​ pues entre otras cosas desconocían el pollo, el queso, y la técnica de la fritura, necesaria para preparar los frijoles refritos.

En la misma región salvadoreña, durante el Período Clásico (500-800), no se ha encontrado comales, indispensables para la cocción de tortillas.

[12]​ Tres años más tarde aparece en el diccionario de hondureñismos publicado en Tegucigalpa por Alberto Membreño en 1895.

En 1942, el filólogo y coronel Lisandro Sandoval describe la pupusa como un platillo guatemalteco de origen maya que consiste en una tortilla gruesa y rellena con frijoles, queso, lorocos o flores de ayote.

[4]​ El auge de la comida callejera hizo que la pupusa desbancase al tamal en cuanto a popularidad.

Eso vincularía a las pupusas tanto con las arepas sudamericanas como con las gorditas mexicanas.

[2]​[23]​ Una de las combinaciones más comunes es la llamada «pupusa revuelta» que incluye queso, frijoles y chicharrón o tocineta.

[30]​ La pupusa puede ser ingerida junto con bebidas como gaseosa, cerveza, agua, café, té, chocolate, jugos naturales o leche; la elección de la bebida depende fundamentalmente del tiempo de comida que se realiza y el clima que impere.

En tal sentido, la Organización de Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO) considera que es una parte esencial en la dieta básica salvadoreña, siendo un medio adecuado de alimentación por su reducido costo.

Los inmigrantes toman el platillo como parte del esfuerzo por mantener la cultura aún fuera de país, por lo cual siguen preparando y consumiendo pupusas.

[32]​[33]​ En el marco de la negociación del CAFTA, salieron a la luz reclamaciones hondureñas referentes al origen geográfico de las pupusas, ya que en ese país también es un plato privilegiado aunque no tan popular.

A la postre, Honduras declaró que no tendría problema alguno si El Salvador patentase las pupusas y se beneficiase de tal acción; pese a lo anterior, las pupusas quedaron fuera del régimen especial en el CAFTA y se les da tratamiento como a cualquier otro producto.

En Estados Unidos, una pupusa puede llegar a costar hasta tres dólares, considerándosela como un producto nostálgico.

Las pupuserías son una especie de restaurante dedicado especialmente a la venta del alimento ya citado.