En el año 48 a. C. el eunuco Potino intentó deponer a Cleopatra, estallando la guerra entre ambos hermanos.

En esta situación llegó a Egipto Pompeyo, derrotado por César tras la batalla de Farsalia.

Potino, para congraciarse con César y obtener su apoyo en la guerra contra Cleopatra, ordenó asesinar a Pompeyo, quien fue decapitado por soldados romanos que estaban establecidos allí.

Pero César no reaccionó como esperaban Potino y Ptolomeo, e hizo ejecutar al primero, restableciendo a Cleopatra de nuevo como reina, ofreciendo a Ptolomeo la isla de Chipre.

Ante esto, Ptolomeo se alzó en armas, y César organizó un ejército de veinte mil hombres para sitiar Alejandría.