Dicho evento (la unión de Cleopatra y César para entronizar a la primera en Egipto) despertó tal reacción popular que el palacio fue sitiado.
Sobre estos momentos el historiador romano Dión Casio anota: "César vive presa de tal pánico que no sólo renuncia a anexionarse territorio alguno, sino que cede a Egipto parte del suyo.
Entre la confusión y el tiempo ganado César pudo recibir nuevas fuerzas de Asia Menor enviadas por Domicio Calvino.
El 27 de marzo del año 47 a. C. tuvo lugar una batalla final tras la cual Ganímedes huyó, Ptolomeo XIII resultó muerto y Arsínoe fue capturada por los romanos.
Tras su victoria, César entronizó en Egipto a Cleopatra y la hizo gobernar conjuntamente con su hermano menor Ptolomeo XIV, quien debía tener alrededor de 12 años.
Cleopatra se casó con Ptolomeo XIV, pero le hizo matar unos cinco años después para poder gobernar en solitario.
En Roma fue obligada a marchar encadenada en el desfile triunfal en honor de César y, como era tradición, la ejecución por estrangulamiento estaba planeada para después del desfile (el líder galo Vercingetórix fue ejecutado también durante estas celebraciones en honor al César).