Cuando Ptolomeo XII murió en el 51 a. C., Ptolomeo XIII y Cleopatra VII debían casarse y reinar en Egipto, con la república romana como su protectora.

Cuando Ptolomeo y Cleopatra ascendieron formalmente al trono, Potino se mantuvo como tutor del joven rey.

La mayoría de los egiptólogos creen que Potino utilizó su influencia para poner a Ptolomeo en contra de Cleopatra, y en la primavera del 48 a. C. Ptolomeo, bajo la dirección de Potino, intentó deponer a Cleopatra para convertirse en el único faraón, mientras que Potino planeaba actuar como el poder detrás del trono.

Ella pronto organizó su propio ejército y comenzó una guerra civil, mientras que otra de sus hermanas, Arsínoe IV, demandaba el trono para ella.

Sobre Potino solo existen fuentes romanas, por lo que se le juzga duramente, criticando la muerte de Pompeyo y su comportamiento con César.