Sin embargo al fallecer su padre en 1559, la familia adoptó formalmente la fe protestante.
Su carrera como apologista hugonote comenzó en 1571 con la obra Dissertation sur l'Église visible, y en 1572 como diplomático, realizó una misión secreta para el Almirante de Coligny tomando contacto con Guillermo el Taciturno, Príncipe de Orange.
En 1618 fue elegido delegado para representar a los protestantes franceses en el Sínodo de Dort, y si bien Luis XIII le prohibió concurrir, contribuyó a las deliberaciones mediante comunicaciones escritas.
Se concedió la decisión a Du Perron sobre nueve puntos presentados, cuando la disputa fue interrumpida por la enfermedad de Mornay.
en Amsterdam (1652); una edición más completa pero muy inexacta (Mémoires, correspondances, et vie) en 12 vols.