A raíz de ello, el rey le condenó a muerte y confiscó sus bienes, pero abandonó la corte en compañía del príncipe de Condé para exiliarse en Borgoña, y más tarde en La Rochelle.

Este acuerdo de paz fue contestado entre otros por el ala más intransigente del partido católico, que se inquietó por su influencia sobre Carlos IX, a quien Coligny propuso hasta tres veces intervenir en Flandes contra España.

El rey Carlos IX acudió a visitar a Coligny y le prometió amparo, pero la insistencia de sus partidarios en reclamar justicia le hicieron dudar de que no se tratase de un nuevo complot del partido hugonote.

Hoy en día numerosos descendientes suyos pertenecen a diversas casas soberanas.

Más adelante en el tiempo, Gustave Crauck esculpió su imagen en el monumento erigido en la calle Rivoli de París.