Convertido al Protestantismo, estuvo envuelto en la Conjura de Amboise (1560), tramada por la Casa de Borbón y los líderes hugonotes, que buscaban el secuestro del joven monarca francés Francisco II (1544-1560) y así usurpar el poder a los Guisa, católicos estrictos y dueños de la regencia.
El plan falló y terminó en una terrible matanza de hugonotes.
La reina Catalina de Médicis proclamó que ni ella ni su hijo estaban secuestrados y consideró la acción de Condé desleal y rebelde.
En Orleans, Francisco I, duque de Guisa, fue asesinado.
Los enfrentamientos religiosos se reanudan en 1567 y el príncipe Luis cae asesinado en la Batalla de Jarnac, 1569.