A diferencia de la mayoría de sus familiares, Francisco no tuvo una participación en las Guerras de Religión de Francia, hasta que en 1587 comenzó su desconfianza en las intenciones del Duque de Guisa, se declaró en contra de la Liga Santa y comenzó a apoyar a su primo, el rey de Navarra Enrique III y a su hermano Enrique de Condé.

En 1589 después de que el rey de Francia Enrique III fue asesinado y junto a su hermano juraron y reconocieron con sangre a su primo Enrique de Navarra como rey de Francia, Enrique IV.

Continuó siempre su apoyo al nuevo rey, incluso cuando la muerte Carlos, Cardenal de Borbón le llevó a ser barajado como posible candidato al trono.

De su primer matrimonio con Juana de Coësmes no nació descendencia y esta murió en 1601.

Francisco de Conti falleció en París en 1614, sin herederos.