En 1442 su padre lo mandó a Toledo para educarse junto a su tío, el entonces arzobispo Gutierre Álvarez de Toledo; allí estudió Retórica, Historia y Latín, hasta la muerte de su protector en 1445.El año siguiente (1454) moría el rey Juan II, y a la edad de 27 años Pedro sería designado obispo de Calahorra y la Calzada.En la primera de ellas, Mendoza levantaría, poco después, un coqueto castillo que aún se conserva.No tardó en estallar la guerra civil; en 1465, en la farsa de Ávila, el arzobispo Carrillo quitó la corona a un muñeco que representaba a Enrique IV y su partido se alzó en armas, apoyando los derechos del pequeño Alfonso de Castilla, medio hermano del rey.Carrillo apostó por la joven Isabel, hermana del príncipe fallecido y futura reina de Castilla.En este giro pesó la rivalidad en la carrera eclesiástica y política con el arzobispo Carrillo.Tampoco fue ajena la visita que aquel año hizo a Castilla y a Sigüenza el futuro papa Alejandro VI, el entonces cardenal Borja, con la promesa de grandes mercedes del partido aragonés en Roma.Desde entonces Pedro González de Mendoza y toda su familia permanecieron al lado de la futura reina, es decir, de la persona que a su criterio estaba mejor situada y más capacitada para ejercer el poder real del que dependía la prosperidad del clan.La colaboración del cardenal y los monarcas fue inmediata y total, sin fisuras; como cuando mandó los ejércitos reales contra la invasión portuguesa, el 1 de marzo de 1476 en la batalla de Toro, que sirvió para asentar definitivamente a Isabel en el trono castellano.Al año siguiente recibió «en administración perpetua» el obispado de Osma, y la reina Isabel legitimó a los dos hijos que había procreado con doña Mencía.Por parte de los reyes acudió Juan Ruiz de Medina y por parte del cardenal, que actuaba como «tercero» o «tercería» entre España y Francia, Alonso Yáñez, vicario del obispado de Siguenza y diplomático suyo.Todos los Mendoza participaron, campaña tras campaña; en 1485 encontramos al cardenal en Córdoba, acompañando a don Fernando; dos años después, 1487, entra en Málaga y finalmente en 1492, acompañado por su sobrino el gran Tendilla, coloca el pendón castellano, en la Alhambra de Granada.Según las crónicas, a Pedro se le atribuían tres hijos que la reina Isabel conocía como «los lindos pecados del Cardenal».Su papel más importante en la cultura de la segunda mitad del siglo XV fue como mecenas.
Mapa geo-político de Francia y frontera con España en 1477.
Cortejo del bautizo del príncipe don Juan, hijo de los Reyes Católicos, por las calles de Sevilla
, obra de
Francisco Pradilla
. Los Reyes Católicos y el cardenal Mendoza, arzobispo de Sevilla, presiden el cortejo.