Por esas mismas fechas su hermano Alfonso fue procesado por encabezar un grupo considerado herético en Durango.
En 1440 fue nombrado obispo de Zamora, aunque no residió en la sede, sino en Roma.
Para entonces el cabildo seguntino había elegido obispo al deán Diego López de Madrid, que desobedeciendo al papa se negó a ceder la sede, manteniéndola hasta que en 1467 fue desalojado por la fuerza.
[6][7][8] Para entonces Juan de Mella había ya muerto en Roma.
Dejó escritas algunas obras, que se conservan manuscritas en Roma.