Sus bosques y parte de la extensión de este parque se encuentran amenazados por la mancha urbana que se ha expandido sin control sobre las partes bajas cercanas a la zona del parque, fenómeno que se ha presentado desde mediados del siglo XX.
Frecuente y erróneamente se dice que el punto más alto es el "Pico del Águila" pero es, en realidad una ilusión óptica que es causada por el punto de vista del observador: si se está observando esta formación desde la Ciudad de México, PARECE evidente que el "Pico del Águila" es mucho más alto; sin embargo, si el observador está parado en "La Cruz del Marqués" y gira su cuerpo en dirección a la Ciudad de México la realidad salta a la vista.
Crece en altitudes que van desde los 2.700 a 3.500 m s. n. m. Este árbol prefiere los suelos ricos en materia orgánica, con humedad durante la mayor parte del año.
En cuanto a las aves, las zonas que son retiradas a la mancha urbana son el refugio de algunas especies del lugar como: El gorrión, la calandria, la alondra, el pájaro carpintero, la golondrina, el reyezuelo, el azulejo.
Así también acuden al lugar para practicar principalmente el excursionismo, senderismo y el alpinismo.
Sin embargo, para que se puedan realizar este tipo de deportes extremos, algunas zonas del parque han sido deforestadas para adecuar el suelo y el espacio,[8] sin que las autoridades correspondientes puedan ordenar alguna regulación al respecto.
Asimismo, los árboles pueden convertirse en obstrucciones o posibilidad de daño al cableado eléctrico, por ejemplo; en estos casos es necesario podar, pero debe hacerse conforme a la normativa.
En este sentido, la PAOT ha estado trabajando en coordinación con la Compañía de Luz y Fuerza del Centro para lograr que las podas que se hacen para liberar los cables de energía eléctrica cumplan con lo especificado.
Y hay instituciones como la PAOT, la Fiscalía Especializada en Delitos Ambientales de la Procuraduría General Judicial del Distrito Federal o la Secretaría del Medio Ambiente del DF que están facultadas para conducir investigaciones que, en última instancia, pueden desembocar en procesos de tipo penal.