En la primera mitad del siglo XIX, Lázaro Rojas instituyó heredero universal a su ahijado de bautismo Francisco Solano López a quien le correspondió en herencia, entre otros bienes, el predio donde se encuentra el palacio.[5] Respecto a la autoría del diseño, la mayoría de los historiadores se inclina por considerar que Francisco S. López llegó a Paraguay con el diseño ya hecho en Europa.Durante los siete años en que los aliados ocuparon Asunción, el Palacio sirvió como cuartel de las fuerzas brasileñas.Sin embargo, González fue depuesto en 1894 por un golpe de Estado y nunca pudo habitar el Palacio.Ese año, el gobernante de la república, Felipe Molas López, con dificultades para subir escaleras, decide trasladar el despacho a la planta baja.El general Alfredo Stroessner gobernó el país desde este edificio durante más de 35 años.
