Cinco años después, en 1672, Podolia fue ocupada por el Imperio otomano, mientras que Kiev y Brátslav caen bajo el control del atamán Petró Doroshenko hasta 1681, cuando también son capturadas por los turcos.Debido a una división que surgió en el campo cosaco durante la Guerra ruso-polaca (1654-1667).En este contexto, cada facción cosaca eligió a su propio hetman en cada una de las orillas del Río Dnieper.En el verano de 1658, tras su victoria en la represión del levantamiento, Vihovski siguió actuando para eliminar a posibles rivales.Además, los polacos que habían sido expulsados durante la Rebelión de Jmelnitski podrían regresar.Vihovski aceptó el título de "Gran Hetman del Principado Ruso".Cuando se vieron rodeados por el Regimiento de Belgorod, varios líderes cosacos leales a Iván Vihovski, para salvar sus vidas, decidieron rendirse y jurar lealtad al Zar Aleijo I, pero, en diciembre de 1658, el juramento resultó ser falso y estos líderes cosacos volvieron a luchar contra las tropas rusas junto con Vihovsky y los tártaros de Crimea.Entonces, se ordenó a Trubetskoy que se trasladara al área entre Putivl y Sevsk para repeler las incursiones tártaras[4] y el ejército ruso tuvo que detener temporalmente la guerra en el Hetmanato Cosaco.Después de esto, Sirkó derrotó al coronel Timosh, enviado contra él por Vihovski.Además, Tsetsyura arrestó el juez militar Fyodor Loboda y liberó a los dragones rusos que estaban cautivos en Pereyáslav para incorporarlos a la guarnición de la ciudad.Además, los habitantes de Cherkasy se negaron a permitir que Vihovski entrara en la ciudad.[6] En los últimos días de febrero de 1660 se celebró una manifestación en la que el enviado polaco Stanisław Kazimierz Bieniewski y Dionisio Balabán, el Metropolitano de Kiev, persuadieron a los cosacos para que acudieran en ayuda del Sacro Imperio Romano Germánico contra el Imperio Otomano.Los polacos y los tártaros también derrotaron a las tropas de Yuri Jmelnitski.[8] Tres coroneles cosacos rechazaron el Tratado de Slobodishchensky y permanecieron leales al Zar Aleijo I: Yakim Semenovich Somko, Vasily Nikiforovich Zolotarenko y Anikey Silich.[9] En noviembre de 1660, Somko atacó Pryluky y Lubní, donde las guarniciones cosacas estaban comandadas por oficiales leales a Yuri Jmelnitski.En Pryluky, los cosacos se rebelaron, arrestaron al coronel Fyodor Tereshchenko y lo entregaron a Somko.También en 1661, el coronel Pavel Trofimovich Zhivotovsky, del Regiemento cosaco de Mýrhorod, dejó de apoyar a Jmelnitski y pidió a Somko que lo aceptara en su bando.El ejército polaco, bajo la presión de las tropas rusas bajo el mando del Príncipe Grigory Grigoryevich Romodanovsky y los regimientos del Hetman Ivan Martynovich Bryukhovetsky, se retiró a través de la región de Chernígov y Lituania hasta Polonia.En julio de 1665, Teterya renunció y nombró a Mikhail Stepanovich Khanenko como Hetman.[15] Cuando comenzó su hetmancia, Doroshenko siguió una línea pro-polaca, pero cambió su política cuando se enteró del Tratado de Andrusovo, firmado el 30 de enero de 1667, que dividía oficialmente el Hetmanato Cosaco entre Rusia y Polonia, con Rusia teniendo soberanía sobre la orilla izquierda y Polonia con soberanía sobre la orilla derecha.Según informes, cuando las noticias sobre el Tratado llegaron a Doroshenko, entonces él sufrió una convulsión[14] y rápidamente abandonó su posición pro-polaca y decidió buscar ayuda del Imperio Otomano.Al mismo tiempo, emprendió una campaña contra la margen izquierda de Ucrania, intentando capturar a Kremenchuk.Este intento terminó en un fracaso, pero Doroshenko no abandonó sus planes y encontró un entusiasta apoyo para ellos en José, el Metropolitano de Kiev.[15] Con el Margen Derecho aparentemente asegurado, Doroshenko y sus hombres cruzaron al Margen Izquierdo y apoyaron el levantamiento de Ivan Briukhovetsky contra Moscú.Sin embargo, las tropas rusas lideradas por el Príncipe Grigory Grigoryevich Romodanovsky consiguieron importantes victorias contra los tártaros y Doshenko se retiró a la orilla derecha, dejando a Demyan Mnogohreshny como comandante de las tropas cosacas en la orilla izquierda.Se cree que a pesar de esta sujeción al Imperio Otomano, el Hetmanato Cosaco conservó no sólo autonomía completa, sino también libertad de todos los impuestos y contribuciones al tesoro del Sultán, comprometiéndose únicamente a abastecer al ejército otomano con cosacos a petición del Sultán y teniendo voz en la política exterior turca, especialmente en relación con la República de las Dos Naciones y el Zarato Ruso.[14][18] Poco después que los polacos reconocieran Khanenko como Hetman, Juan III Sobieski lanzó una invasión masiva del Margen Derecho con su apoyo.Así, en el verano de 1674, lo cossacos dirigidos por Ivan Samoilovich, junto con las tropas rusas comandadas por el Príncipe Grigory Romodanovsky, lanzó una expedición contra Doroshenko, y sitió Chiguirín.[15] Tras la invasión, casi todos los regimientos cosacos de la orilla derecha se alinearon con Samoilovich.
