Su objetivo inicial era proteger y dar hospedaje a los peregrinos del Camino de Santiago.

Así, la noticia se extendió por toda la tierra y se hicieron tantas donaciones que los caballeros no hicieron un pequeño refugio como habían pensado, sino un gran hospital.

Desde ese momento, el emblema del hospital fue una paloma blanca con una cruz dorada en el pico.

Establecido en el siglo XII, ya existen noticias suyas en el Codex Calixtinus, diciendo que era Unum Tribus Mundi, es decir, uno de los tres hospitales más importantes del mundo, junto con los de Jerusalén y el Gran San Bernardo.

En 1607 se suprimió el clero regular, residiendo el prior en la Seo de Zaragoza.