En la mayoría de los casos la AAE es una enfermedad profesional o está relacionada con el ambiente en el que se desenvuelve el enfermo.
Los macrófagos alveolares pueden ser activados directamente por inmunocomplejos, por componentes del complemento y por productos derivados de la inflamación tisular.
Los linfocitos T sensibilizados producen linfocinas que activan al macrófago y aumentan la formación de granulomas.
Entre los inespecíficos encontramos leucocitosis en las formas agudas, a veces eosinofilia en el análisis de sangre.
El mejor tratamiento es evitar el alérgeno provocador, ya que la exposición crónica puede causar daño permanente y la enfermedad aguda a menudo es autolimitada.