Con la ayuda del general Carlos Arellano Tapia, poco tiempo después fundaron en los terrenos adquiridos por Rafael Martínez de la Torre sobre el margen izquierdo del río Nautla (comprendiéndose la zona entre Paso de Telaya, Zopilotes –hoy San Rafael–, Ojite y Mentidero) el primer asentamiento conocido en aquella época como Zopilotes.
En septiembre de 1888 las cosechas, animales y algunas casas son arrasadas por una gran inundación.
En la primera década del siglo XX entra el servicio de telégrafos y correo a la región.
Desde el 1° de enero de 2004, cuando San Rafael adquiere su municipalidad, ha tenido los siguientes Presidentes Municipales: 1° Germán Camilo Castagne Maitret (Enero-Febrero 2004)-por fallecimiento 2° Emilio Ismael Prigada Millot (Febrero-Diciembre 2004)-Presidente Municipal Suplente 3° Humberto Faibre Wolf (2005-2007) 4° Samuel Thomas Viña (2008-2010) 5° Rogelio Martín Capitaine Domínguez (2011-2013) 6° Hector Lagunes Reyes (2014-2017) 7° Luis Daniel Lagunes Marín (2018-2021) 8⁰ Héctor Lagunes Reyes (reelegido como presidente municipal 2021 - 2025) Se conservan muchas tradiciones francesas en las familias más antiguas como la elaboración casera del queso, el pan y el vino.
Durante la celebración se subastan ganado bovino y otros productos de la región.