A los pies de la Villa, en la misma colina, se encuentra el Arrabal.
Según las excavaciones arqueológicas llevadas a cabo durante en 1982 y 1983 se evidencia que en Moya hubo algún asentamiento en la Edad del Bronce medio, es decir, unos 1500 años a. C. El primitivo poblado estaría situado en las proximidades de lo que hoy llamamos El Castillo.
Del s. II a. C. se han encontrado en Moya monedas que fueron acuñadas en Bílbilis (Calatayud).
En 1215, Enrique I da la villa en privilegio a la Orden de Santiago.
Esto viene a demostrar que Moya estaría muy cerca del castillo de Serreilla o, tal vez, bajo su jurisdicción.
Tras muy duras discusiones, el tribunal eclesiástico reunido en Burgos, entre el 20 y 31 de mayo de 1220, no logra un acuerdo que sea aceptado ni por Rodrigo ni por García.
En 1225 muere el obispo García sin ver resuelto el problema y es elegido nuevo obispo de Cuenca a don Lope, fiel servidor del Arzobispo del que no sabemos cuándo ni cómo murió.
Y Gregorio IX nombra al obispo de Tarazona, García Frontín II, dándole plena autoridad.
Desde entonces, Fernando III convierte a Cañete en aldea de Moya en 1231 y le concede los derechos de portazgo que Alfonso VIII había concedido a Cañete en 1195: Lo que traducido sería: Y también en estas fechas el arcediano de Cañete pasa a Moya.
Definitivamente, el rey Sancho arrebató Moya a Juan Núñez de Lara en 1292.
Juan II dio Moya al marqués de Villena en 1451 contra el que se resistieron los moyanos con éxito.
No pudo tomar posesión el nuevo señor hasta 1475, cuando los Reyes Católicos confirmaron esta donación, pues Moya siempre estuvo de parte de Isabel la Católica, en el proceso sucesorio.
Esto le valió a Moya que de señorío se convirtiera en marquesado en 1480.
Durante los siglos XIII y XIV algunos caballeros moyanos participaron en numerosas empresas militares, tales como la batalla del Salado en 1340, en el sitio de Algeciras en 1343, en cuya fortaleza llegó a ondear el pendón de Moya.
En el siglo XIX se convirtió en centro de la resistencia antifrancesa en 1808.
Por ello Moya volvió a sufrir de nuevo saqueos y destrucción.
Proceso que durará hasta bien avanzada la primera mitad del siglo XX.
Situadas en lo alto de un cerro alomando, se hallan circundadas por cinco Recintos amurallados y ocho puertas.