La antigua iglesia del convento es la basílica menor de María Auxiliadora.

[1]​ En 1250 el convento ya estaba fundado y fue visitado por el general fray Nicolás Gallo.

[2]​ El convento tenía un capellán para decir misas por el alma del rey san Fernando III.

En 1790 la cofradía y la capilla se encontraban abandonadas, haciéndose cargo los trinitarios del patrimonio de la hermandad.

En 1810, con la ocupación francesa, el convento fue exclaustrado y la cofradía tuvo que abandonar la iglesia, siendo los enseres destruidos.

En 1875, el arzobispo de Sevilla, Joaquim Lluch, adquirió el edificio para la iglesia hispalense.

En 1892 los salesianos Francisco Atzeni y Pedro Ricaldone se trasladaron de Utrera a Sevilla para comenzar su labor pastoral en la ciudad, empleando para ello las estancias del antiguo convento.

En los sótanos del convento hay unas galerías donde la tradición dice que estuvieron presas las santas Justa y Rufina.

[2]​ También hay una columna de granito con una pequeña cruz que,[2]​ según la tradición, fue realizada por las santas durante su cautiverio.