Estudió Filosofía sintiéndose atraído por el tomismo, corriente que defendería gran parte de su vida.

Allí prosiguió sus estudios filosóficos en la Universidad de Manila y se interesó por otras materias como la física o la química.

Explicó filosofía los primeros años y teología durante los ocho últimos de su estancia.

En 1858 sufre la pérdida de su amigo y compañero Melchor García Sampedro, martirizado en Vietnam.

En 1864 publicó su primera obra importante, Estudios sobre la Filosofía de Santo Tomás, acogida con agrado por Marcelino Menéndez Pelayo y por el Papa León XIII.

Muchos de sus trabajos fueron traducidos al italiano, alemán, francés, ruso y otros idiomas.

Una vez en posesión del cargo se dedicó de pleno a sus labores eclesiásticas e intelectuales que fueron premiadas un año más tarde por el papa León XIII con el cardenalato.