Utiliza tipografías góticas y redondas y, aun sin ser el primero en usar la letra cursiva o itálica, máxima expresión de la latinidad clasicista durante esa centuria, será quien más la emplee de forma sistemática.
Eguía fue el mayor divulgador de Erasmo, cuyas obras editó, entre ellas la primera traducción al español (Enchiridion, 1529).
La mayoría va al extranjero, pero Eguía, que nunca dejó de estar avecindado en Estella, viene a la ciudad navarra, en donde es citado para comparecer en Valladolid.
Allí lo interroga la Inquisición, y en el otoño de 1531 ingresa en la cárcel, donde permanece dos años hasta que es puesto en libertad sin cargos.
A partir de entonces olvida las enseñanzas de Erasmo y, al sentir cercana su muerte, redacta un testamento en el que muestra ideas opuestas a las del famoso filósofo[cita requerida].
Obtenida la exención, en 1546, sin renunciar a sus derechos sobre las imprentas de Toledo y Alcalá, abre imprenta en Estella, para lo cual contrata a Adrián de Anvers (Amberes) como primer oficial.
Dicho barrio fue promovido por una conocida editorial nacional que acababa de abrir imprenta en la localidad.