Fue primero mezquita palaciega durante el periodo musulmán, tras la reconquista cristiana se convirtió en la primera catedral de la ciudad y más tarde en iglesia (tras construir una nueva en otra ubicación, trasladándose su cabildo catedralicio).

Posteriormente se planteó la necesidad de construir una nueva catedral (la de San Juan Bautista) y no fue hasta mediados del siglo XIII cuando se iniciaron las obras.

Se eligió como emplazamiento el lugar que ocupaba una antigua iglesia visigoda o mozárabe situada en el Campo de San Juan, terreno situado en el exterior de la alcazaba.

Recientemente se han recuperadp pinturas murales de temática religiosa, localizadas fundamentalmente en la capilla del evangelio, sin olvidar un epitafio del siglo XIV, o diversos elementos visigodos.

[3]​[4]​[5]​ La torre más alta, que hasta entonces era un campanario, con una cubierta a cuatro aguas y una espadaña, a mitad del siglo XIX los militares deciden rematar la torre con almenas para darle aspecto de fortificación militar.