El maestro de la colegiata, Juan Ruiz, había fallecido en 1678 y el cabildo decidió realizar unas oposiciones para elegir al sucesor.

Se desconoce las razones de esta sustitución, pero Núñez siguió en la Catedral como capellán, tal como aparece en las actas capitulares.

Son las últimas noticias que se tienen de él.

[4]​[3]​[4]​ Escribió diversas lamentaciones y obras polifónicas en forma de motetes.

[4]​ Se conservan unos recitativos suyos: «Al Santísimo Sacramento / Recetativo [sic] / hola, hao, ah, pastorcillo / Solo» en la Catedral de Segovia.