En Cádiz comenzó con problemas con los miembros de su capilla de música y en 1702 presentó su renuncia por «cierta diferencia que había tenido con un señor capitular y también que algunos músicos, particularmente don Alejandro González, no le atendían como a su maestro».

El Cabildo catedralicio solucionó el problema amonestando a los músicos y Úbeda permaneció en Cádiz hasta 1710.

Por ejemplo, en 1723 dieron un informe sobre las habilidades del cantor Juan Nicolás de Chaves:[2]​: 137 También salió con la capilla metropolitana a tocar en otras instituciones.

[1]​ Tras su fallecimiento, el Cabildo se preocupó de recuperar las obras musicales que el maestro había guardado en su casa.

[4]​ Durante su magisterio se introdujeron los violines en la capilla, desplazando las cornetas, chirimías, sacabuches y otros instrumentos que habían quedado anticuados.