[1]​ Según varios especialistas las obras del templo se comenzaron por los pies para continuar hacia la cabecera, siendo terminadas de forma un tanto precipitada, pues cerca de la capilla mayor, se levantan dos pilares que no soportan ningún peso, que puede indicar que se trataba de elementos previstos para una mayor longitud del templo y que quedaron anulados al terminarse la cabecera con prontitud.

[1]​ En 1534, con la obra ya iniciada, obtuvo una bula del Papa Paulo III que permitía la implantación de una colegiata, dotada con un cabildo compuesto por un capellán mayor y ocho capellanes de coro.

Debido a esos problemas estructurales, que se agravaron con el terremoto de Lisboa de 1755, el edificio permaneció cerrado al culto entre 1940 y 1976, siendo su restauración dirigida por Rafael Manzano.

La más destacada de todas las puertas es la espléndida portada central o “Puerta del Sol”, es un vano adintelado flanqueado por columnas corintias, en cuya ménsula se ubicaba un relieve, y se encuentra coronada por un frontón curvo con un óculo central entre flameros.

En el eje izquierdo de la fachada se levanta la torre, construida en tres cuerpos con sillares de piedra, que sustituyó a otra existente que fue destruida por un rayo en 1918.

Las puertas laterales son la puerta de la Cuesta, que se abre en la nave del evangelio frente al Convento de la Encarnacón, con un diseño sencillo formado por un arco y frontón separados por un friso.

La cúpula de la cabecera o capilla mayor es obra que responde a la renovación realizada en esta iglesia entre los años 1721 y 1724, dirigida por el maestro mayor de la Colegial.

Una pieza fundamental del conjunto de la colegiata es el denominado “Santo Sepulcro”, un panteón ducal situado bajo el presbiterio, construido a partir del año 1545.

Una estrecha y empinada escalera conduce hasta el primer sótano de esta iglesia, donde se encuentra la capilla del panteón.

También en el panteón hay un óleo sobre tabla Cristo con la cruz a cuestas (82x64 cm) realizado hacia 1565 por Luis de Morales.

Estos cuadros fueron pintados por Rivera en Nápoles, entre 1617 y 1619 para Pedro Téllez Girón, III duque de Osuna y virrey de Nápoles en esas fechas.