Martin Afonso de Sousa estudió en su juventud matemática, cosmografía y navegación.
También estaba autorizado a elegir cien leguas de costa para sí mismo y otras cincuenta para su hermano Pero Lopes de Sousa.
En los primeros días de noviembre la nave capitana y un bergantín naufragaron en la costa, muriendo 7 tripulantes.
Recibió también la autorización de regresar a Lisboa, por lo que Martim Afonso de Sousa no permaneció en Brasil para administrar sus tierras.
Victorioso, fue nombrado virrey de la India portuguesa por Juan III en 1542.