En 1881, pasó a residir en Santos, ciudad que le sirvió de inspiración para varios cuadros.

El mayor aspecto de su obra se concentra en los paisajes y marinas del litoral paulista.

[6]​ El artista también escribió cuentos, como el titulado «Costumbres de Mi Tierra»[5]​ y mantuvo una intensa contribución con diarios locales, en los que publicaba diversos artículos.

Además de la pintura, Calixto mantenía gran interés por la historia del litoral.

[6]​ En el año 1895, el artista se convirtió en socio del Instituto Histórico y Geográfico de São Paulo (IHGSP), donde recibió gran reconocimiento por sus obras.

[7]​ La institución también fue importante para la formación de su pensamiento historiográfico, en la medida en que procuraba honrar con integridad los hechos del pasado.

[8]​ Benedicto Calixto mantuvo la actividad de pintor, trabajando en constantes pedidos, hasta fallecer.

[6]​ Benedicto Calixto fue pintor de paisajes, costumbres populares, escenas históricas y religiosas.

Además de la pintura y la fotografía, Calixto se desarrolló en la palabra escrita.

Entre los cuadros destacados en la colección del museo están Inundação da Várzea do Carmo, en la que Calixto registró el límite industrial de São Paulo, destacando edificaciones asociadas a la industria del café.

[13]​ Este cuadro, así como otros del pintor, ha sido considerado un «verdadero documento de época».

En el interior realiza trabajos en São Carlos, Bocaina, Catanduva y Ribeirão Preto.