De origen judaico[3]​[4]​ puede decirse que consiguió eludir las persecuciones de la Santa Inquisición gracias al renombre y prestigio que llegó a alcanzar como científico.

Su nombre se recuerda en ese instrumento, si bien es cierto que por su difícil construcción fue sustituido por otro más simple, el vernier, creado por el físico francés homónimo y que de todas maneras se inspira en su principio.

Se creía antes que, marchando sobre la superficie terrestre en un rumbo fijo, es decir, formando ángulo constante con la meridiana, la línea recorrida era un círculo máximo o, en otros términos, que un navío que siguiese este derrotero llegaría teóricamente a dar la vuelta al mundo, volviendo al punto de partida.

Nunes fue el primero en señalar la falsedad de este concepto tan arraigado, demostrando rigurosamente que, lejos de suceder así, la curva recorrida se va acercando al polo, alrededor, del cual da infinitas vueltas sin llegar nunca a él; o, dicho en lenguaje técnico, tiene el polo por punto asintótico.

Sus obras completas fueron publicadas con el título Petri Nonii Opera (Basilea, 1592).