Sus primeras acciones en la guerra civil fueron en la campaña en la que el ejército porteño auxilió a Santa Fe contra el general unitario José María Paz, entonces gobernador de Córdoba.

Ejerció este cargo hasta la revolución de los Libres del Sur y el fallido intento subversivo de 1839, época en que se reincorporó al ejército como teniente coronel.

Mientras tanto, el gobernador santafesino Juan Pablo López se alió con los unitarios; Santa Coloma se retiró a San Nicolás de los Arroyos, y Rosas envió contra Santa Fe a dos ejércitos, uno al mando de Pascual Echagüe y Santa Coloma, y el otro, el que volvía de vencer a Lavalle, al mando de Oribe.

En marzo de 1842, Santa Coloma derrotó a López en Monte Flores, y pocas semanas después, nuevamente en Colastiné.

Durante este período, Santa Coloma cometió excesos, posiblemente con robos, persecuciones y algún asesinato; los unitarios lo llamaban el «carnicero de San Lorenzo», pero posiblemente era un exceso, al menos en una época en que estos hechos eran normales en ambos bandos.

Similar suerte siguió el coronel Martiniano Chilavert, que fue fusilado ese mismo día, también sin juicio alguno.