Si bien contaba con el apoyo obligado del jesuita Lope Luis Altamirano, representando al General de los Jesuitas, el provincial jesuita del Paraguay resistió las medidas insistiendo en el hecho de que no tenía respuesta formal a su representación ante autoridades religiosas y civiles de Lima, Buenos Aires y Asunción, por lo que Valdelirios le informó de la cláusula secreta que lo autorizaba a usar la fuerza en caso de resistencia, cláusula que así se hizo pública.
En ese lugar debía encontrarse el jesuita Tadheo Ennis para recibir a los demarcadores, pero estos se encontraron con una guarnición armada guaraní que les impidió el paso a sus territorios.
No obstante sus atribuciones, la sorda oposición al tratado demoró las operaciones.
El 8 de junio Andonaegui dio por terminada la guerra y supervisó la evacuación de los indígenas que no habían muerto o huido a la ribera occidental del río Uruguay, permaneciendo el ejército aliado durante diez meses en las Misiones, tras lo que los portugueses se retiraron en diciembre de 1757 al Río Pardo sin ponerse de acuerdo sobre el límite en las cabeceras del río Ibicuy y sin entregar la Colonia del Sacramento.
Dado por finalizado su trabajo sobre la línea divisoria, Valdelirios recibió del soberano varias órdenes honoríficas dictadas en junio de 1758 en que aprobaba su accionar, incluyendo la guerra contra los guaraníes.
En 1786 fue agregado a la Cámara Suprema y en 1792 designado ministro del Consejo de Estado.