Su inteligencia táctica, fortaleza física y capacidad para anticipar jugadas lo convirtieron en un referente.Este hecho, por más contradictorio que suene, le dio mayor reconocimiento al jugador a nivel mundial.[9] Esto le permitió pasar a mediados del 2004 al club Paris Saint-Germain.[21] El gol lo hizo de cabeza[21] y se lo dedicó al fallecido arquero colombiano Miguel Calero.[28] Su equipo llegó[29] a la final del Mundial de Clubes 2014 en el que enfrentaron al Real Madrid de su compatriota James Rodríguez, el partido lo perdieron 2 - 0 y serían subcampeones.[30] En 2015, disputaría la Copa Libertadores en donde San Lorenzo quedaría eliminado en fase de grupos.[31] Logró el subcampeonato del torneo de liga y la clasificación a la Copa Libertadores 2016.El año 2001, Yepes disputó la Copa América celebrada en Colombia, dónde se alzó con el triunfo en terreno local.[37] También estuvo presente en la Copa América 1999 celebrada en Paraguay donde Colombia alcanzó los cuartos de final.Colombia alcanzó el cuarto puesto, y Yepes logró marcar su primer gol con la selección Colombia ante la Nueva Zelanda en la fase de grupos, siendo este un golazo de chilena, en donde el resultado final del partido fue a favor del combinado cafetero por 3-1.Debutó en 1999 y fue incluido por Francisco Maturana para disputar la Copa América 2001, que a la postre resultaría ganando la selección Colombiana.